Общее правило для запуска всех win-приложений в Wine — запускаемые файлы должны находиться в области видимости Wine, то есть на одном из логических дисков Wine или в его подкаталогах. Если программа поставляется на компакт-диске, то не забудьте должным образом смонтировать диск, прежде чем обращаться к нему из Wine. Обратите внимание, что в этом случае у вас должен быть разрешён запуск приложений с компакт-диска. Если приложение распространяется не на диске — не забудьте сначала скопировать его в область видимости Wine.

Запуск win-приложений производится двойным щелчком мыши на значке в любом файловом менеджере. Для того, чтобы можно было запускать win-приложения как обыкновенные исполняемые файлы host-системы (например, из Midnight Commander), должна быть запущена системная служба (service) wine.

Также приложение может быть запущено с помощью команды в командной строке. Для запуска exe-файлов нужно выполнить команду:

$ wine программа.exe

Программы, поставляемые в виде msi-пакетов, а также файлы. bat и. cmd запускаются с помощью команды:

$ wine start пакет.msi

Для запуска консольных приложений, например, Far, используется команда:

$ wineconsole Far.exe

Для получения командной строки Windows запустите:

$ wineconsole cmd.

Запуск программ DOS (16-разрядных программ реального режима процессора), особенно сложных, в штатной виртуальной DOS-машине, имеющейся в Wine, обычно не даёт положительного результата. Рекомендуется использовать dosemu или dosbox.

Также при установке добавится новый пункт  в контекстное меню (щелчок правой кнопкой  на исполняемый фаил) помимо пункта Открыть с помощью  появляется еще и  Открыть с помощью “Wine эмулятор Windows” -- так удобней и быстреезапускать. Но первый способ предпочтительней так как  в консоли выводятся

все ошибки при запуске.