Прежде чем начинать работать с Wine, каждому пользователю, от имени которого будут запускаться win-приложения, необходимо настроить локальное win-окружение (по умолчанию оно расположено в каталоге ~/.wine/). Настройка окружения выполняется автоматически при первом запуске Wine (достаточно в командной строке ввести команду wine и дождаться завершения её работы).

При первом запуске Wine создаёт необходимую инфраструктуру в домашнем каталоге данного пользователя, для чего выполняет следующие действия:

·       создаёт начальную версию реестра;

·       выстраивает соответствия каталогов host-системы и логических дисков Wine;

·       создаёт каталог с программами, который будет служить основным диском (C:) для win-приложений, для удобства этот каталог доступен как wine_c в домашнем каталоге пользователя.

Процедуру начальной настройки win-окружения можно запустить в любой момент и впоследствии командой wine --update. Эта команда выполнит все те же операции, что и при первом запуске Wine. Выполнение wine --update не затрагивает данных реестра, изменённых пользователем.